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Krabat (David Kross), ein 14-jähriger Waisenjunge, tritt 1646 eine Stelle als Lehrling in einer Wassermühle im Koselbruch an. Doch diese stellt sich schon bald als "Schwarze Schule" heraus, deren Meister (Christian Redl) seine zwölf Gesellen in der Zauberkunst unterweist. Der Junge ist zunächst fasziniert von der dunklen Macht und freundet sich mit den anderen Lehrlingen an, insbesondere dem Altgesellen Tonda (Daniel Brühl), in dem er ein Vorbild gefunden hat. Doch in der Mühle häufen sich mysteriöse Vorfälle, die ihn zur Offenbarung eines grausamen Geheimnisses führen. Krabat beschließt, sich aus den Fängen des Meisters zu befreien - koste es, was es wolle.