Das ASUS WS X299 PRO/SE basiert auf dem Intel-X299-Chipsatz und unterstützt Intel-Prozessoren für den Sockel 2066. Der Arbeitsspeicher des WS X299 PRO/SE lässt sich über acht Speicherbänke auf bis zu 128 GB DDR4 aufrüsten und unterstützt dabei Quad-Channel. Zur weiteren Ausstattung gehören vier PCIe-3.0-x16-Slots und ein PCIe-3.0-Slot. Außerdem verfügt das WS X299 PRO/SE über zwei Gigabit-LAN-Ports, sechs SATA3-Anschlüsse, zwei M.2-Anschlüsse, einen U.2-Anschluss, vier USB 3.0-A, eine USB 3.1-A und eine USB 3.1-Typ-C-Schnittstelle.