Das ASUS PRIME X299-DELUXE II basiert auf dem Intel-X299-Chipsatz und unterstützt Intel-Prozessoren für den Sockel 2066. Der Arbeitsspeicher des ASUS PRIME X299-DELUXE II lässt sich über acht Speicherbänke auf bis zu 128 GB DDR4 aufrüsten und unterstützt dabei Quad-Channel. Zur weiteren Ausstattung gehören vier PCIe-3.0-x16-Slots und zwei PCIe-3.0-Slots. Außerdem verfügt das ASUS PRIME X299-DELUXE II über einen 5 Gigabit-LAN-Port, einen Gigabit-LAN-Port, WLAN Wi-Fi 5 (802.11ac), Bluetooth 5, acht SATA3-Anschlüsse, drei M.2-Anschlüsse, vier USB 3.0-A, zwei USB 3.1-A und eine USB 3.1-Typ-C-Schnittstelle.